在這段時間里，盡管國務院有關機構和人員發(fā)生了巨大變化，出現(xiàn)從未有過的阻力和困難，但由于周恩來和國務院有關部門的不懈努力，整個農業(yè)形勢沒有出現(xiàn)大的動蕩和反復。1968年7月，李先念、李富春副總理上報黨中央和毛澤東的國務院業(yè)務組《關于1967年度糧食情況的簡報》中說：1967年糧食比上年增產383億斤，農村糧食情況進一步好轉。此后連續(xù)幾年里，全國農業(yè)狀況一直趨于穩(wěn)定。
事實上，早在“文化大革命”發(fā)動之初，工交系統(tǒng)“革命”與生產的矛盾就已經存在了。1966年6月，劉少奇、鄧小平向毛澤東報送《中共中央、國務院關于工業(yè)交通企業(yè)和基本建設單位如何開展文化大革命運動的通知》稿，獲得批準。隨后又制定出關于上面《通知》的《補充通知》，要求各級黨委在進行文化大革命的同時，采取各種措施，抓好工交生產。這兩個文件的主旨，是對工交企業(yè)的“文化大革命”進行必要的限制。盡管如此，“革命”對生產的沖擊已見端倪。7月中下旬，上海市工業(yè)生產中開始出現(xiàn)事故增多、產品質量下降、干部放松生產業(yè)務工作等問題。
隨后發(fā)生的全國性的“大串連”活動更是給鐵路部門帶來了嚴峻的考驗。在紅衛(wèi)兵“大串連”高峰時，周恩來每日都要仔細審看工交部門匯總上來的生報表，哪個鐵路局的貨運量減少了，哪個煤礦的產量降低了，哪種產品的原料供應不上了，他都親自過問、查詢，找有關領導研究解決問題的措施。他一再向國務院有關同志講：“無論多么困難，都要妥善處理好學生串連與生產建設的關系。首先，必須安排好維持生產建設所必需的貨運力量，然后，安排好客運計劃，在客運計劃中留有一定余地以應付學生串連之需�？傊�，無論如何不能讓生產受到影響。”當時擔任鐵道部部長的呂正操（因被群眾批判已不能正常工作）為此感嘆道：周總理這是在替我當鐵道部長��！
就在鐵路交通秩序勉強維持之際，最大的工業(yè)城市上海發(fā)生了一起震動全國的產業(yè)工人臥軌攔車事件——“安亭事件”，造成滬寧全線客貨運輸中斷30多個小時的重大事故。在處理事件的過程中，中央文革小組副組長張春橋公然置中共中央以及華東局、中共上海市委的正確意見于不顧，擅自發(fā)表肯定“安亭事件”的言論，并簽字承認以王洪人組織“造反”、“串連”，工礦企業(yè)也和學校一樣，可以“停產鬧革命”的先河。
對“安亭事件”的做法，周恩來是不贊成的。這種做法，明顯違背了他在事件發(fā)生前有關“抓革命、促生產”的一系列言論和實際努力。事件發(fā)生后，周恩來多次批評類似的行動，竭力維護鐵路運輸?shù)恼Ｖ刃颉?/div>
11月16日，周恩來親與江蘇省委負責人通話，要求省委出面做好攔車群眾的工作，放行被攔車輛。指出：“這關系到國家的信譽，關系到交通運輸，關系到勞動人民。”
28日，周恩來親筆修改以國務院名義發(fā)給滯留在四川廣漢（寶成線站名）的“成都工人造反團”電文：“請你們認真考慮：成千的工人同志來北京請愿，既不便于接待和會談，也會影響你們工廠的生產。如果另一方面工人同志也照樣來京，那將更影響生產。”
在“安亭事件”發(fā)生一個月之后，周恩來向參加工交座談會的成員及一些省、市負責人提出：必要的“條條”中央還要發(fā)幾個，并且一定要保證有效，如保障交通運輸、城鎮(zhèn)水電供應。因為這是廣大人民群眾的利益，關系到國計民生。你把火車停了，這不能叫“革命行動”。出現(xiàn)這樣的事，首先我們作自我批評，然后指出這種做法是錯誤的。否則，就沒有原則了。
12月13日，周恩來又就中共中央、國務院關于保證鐵路運輸正常秩序的通告（經周修改）致信陳伯達、江青：“碰頭會上根據(jù)一個月來各地攔車情況，起草了這一通告，現(xiàn)送上請中央文革小組加以討論，并提出小組的意見，以便確定報請主席、林彪同志審批。附上一個月的工人攔車情況，請參閱。”
周恩來以“安亭事件”作為統(tǒng)計全國鐵路交通混亂的起點，正表明他對此的態(tài)度。同時，他采取先擺事實，再發(fā)通告的辦法，也是為了使中央文革小組在事實面前無計可施。
1967年元旦，周恩來親自過問上海鐵路局的工作。當時擔任上海市委第一書記的陳丕顯回憶：（1966年）12月31日下午，北京傳來消息，中央決定要我出來工作，首先整頓鐵路秩序，總理將直接給我打電話。我立即抱病趕到上海北站解決交通問題。1月1日凌晨3時，我在北站鐵路公安分局聽到周總理的聲音：“丕顯同志，你好嗎？中央決定要你出來工作，上海一定不能亂，南北鐵路交通一定不能斷！……”我問候了總理，并告我現(xiàn)已在鐵路局，正在做工作，力爭明天通車。在周總理的關懷下，上海鐵路終于在第二天通車了。
周恩來不分晝夜的勞頓，加上他對群眾組織的苦口婆心的批評和勸導，確使一些地區(qū)鐵路運輸部門的生產業(yè)務狀況有所改善。但是，由于指導“文化大革命”的錯誤理論沒有也不可能從根本上改變，其“左”的實踐也必然會惡性發(fā)展，乃至愈演愈烈，欲罷不能。這種情況，當然是周恩來的主觀愿望所無法改變的。他能夠做到的，就是在某些方面、在某些重要環(huán)節(jié)上，繼續(xù)起控制局勢和減少損失的作用�？梢哉f，沒有周恩來的這些努力，整個工交生產情況還要壞得多。
三、限制奪權，保護干部
從1966年冬天起，“文化大革命”開始“合法”進入工交、財貿、農業(yè)、科研等生產業(yè)務領域，“停產鬧革命”風行全國。就在這時，“安亭事件”的發(fā)生地上海又爆發(fā)了一件震撼華東、影響全國的大事：1967年1月初，《文匯報》、《解放日報》中的造反派相繼“奪權”，宣布“接管”報社。隨即，“工總司”等上海市造反派組織聯(lián)合召開“徹底打倒”中共上海市委大會，將原上海市的所有黨政大權統(tǒng)統(tǒng)“奪”下，取而代之。
對“一月奪權”的首要目標中共上海市委，周恩來一直是信任、肯定的。“紅衛(wèi)兵運動”中，他曾幾次明確表示上海市委“是革命的”。“安亭事件”后，他仍設法維護上海市黨政領導的權威。但是，由于上海“一月奪權”符合“一個階級推翻一個階級”的“無產階級專政下繼續(xù)革命”的理論與實踐，因而得到毛澤東的肯定和支持。之后，全國各地紛紛效仿，山西、山東、貴州、黑龍江等省市的造反派也先后宣布“奪權”，原來省、市主要領導人被作為“走資本主義道路的當權派”打倒，原有的黨政機構多陷于癱瘓。
對這樣的形勢，周恩來是有自己的看法的。
首先，周恩來不贊成把各地區(qū)、各部門的所有黨政領導都視為“走資本主義道路的當權派”而打倒。他的這個觀點，也是在“紅衛(wèi)兵運動”中多次闡明了的。為使這一觀點站住腳，周恩來在許多場合都著意強調建國十七年來黨領導下各個地區(qū)、各條戰(zhàn)線所取得的成績，認為這是主流，反對一概懷疑、一概否定。
其次，周恩來始終主張各地區(qū)、各部門所“奪”的是“領導文化大革命運動”之權，而不是黨、政、財、文等業(yè)務之權�；蛘哒f，他對所謂“全面奪權”是有保留的。在這個問題上，周恩來的一些講話與江青等中央文革小組成員的講話存在明顯差別，甚至相悖。
再次，周恩來明確反對奪中央要害部門的領導權，強調國防、外交、公安、財政的業(yè)務大權屬中央，群眾組織不能奪。這是因為周恩來意識到“全面奪權”的浪潮必然要沖到北京，影響國務院。后來事態(tài)的發(fā)展證明這種擔心是有道理的。
隨著“全面奪權”迅速蔓延、深入，其災難性后果很快顯露出來：大批黨政領導干部被群眾定性為本地區(qū)、本部門的“資產階級代表人物”而停職、“罷官”；各路“造反派”為爭權、搶權結成宿怨，以致彼此動武，釀成流血事件；由于各級黨政機構陷于癱瘓、半癱瘓狀態(tài)，造成業(yè)務指揮系統(tǒng)失靈，國民經濟首先是工業(yè)交通部門損失加劇，面臨停滯威脅。
這時的黨中央，實際上已經很難控制急轉直下的形勢。為此，周恩來想方設法，采取措施，保證從上到下各級經濟指揮部門的存在與運作。2月下旬，首先成立了由他本人主持的國務院業(yè)務辦公會（對外用“國務院業(yè)務小組”、“國務院業(yè)務組”名義），成員有李富春、陳毅、李先念、譚震林、聶榮臻、謝富治、余秋里、谷牧等，在極端不利的條件下，努力維系中央一級經濟領導機構的運轉。之后，周恩來提出，無論如何要在3月份解決省級生產指揮部門，以便領導和推動“抓革命、促生產”。3月中旬，他又起草了中共中央、國務院、中央軍委電報稿，在全國推廣北京市懷柔縣成立“抓革命、促生產第一線指揮部”的經驗，要求迅速建立起縣級生產指揮機構。鑒于在“奪權”高潮中各級黨委和行政業(yè)務部門癱瘓、大批領導干部受到沖擊而無法工作的情況，周恩來從這時起，親自主持制定中央及地方各系統(tǒng)、各部門的軍管方案，提出在軍管會領導下，成立起兩個班子，一個領導運動，一個負責生產業(yè)務。為了提高和維護倉促上陣的軍管會的權威，周恩來強調：無論如何，要樹立軍管威信，堅持軍管有效；不管哪一派，都要遵守軍管規(guī)定，不能允許派別組織的權力比軍管會的還大。
軍管的范圍，后來越來越擴展，以致國務院所屬的大多數(shù)經濟職能部門都相繼成立了軍管會或派駐了軍代表。這些軍隊干部的派遣工作，是得到周恩來認可和批準的。讓他們參加業(yè)務部門的領導工作，是特定歷史條件下采取的一種臨時措施。因為在“全面奪權”當中，國務院重要經濟部門的領導人都已被打倒或停止工作，出現(xiàn)無人負責的嚴重情況。一次，在談到國務院系統(tǒng)領導干部的現(xiàn)狀時，周恩來難以掩飾心中的深深的憂慮，他說：“上海‘一月風暴’以后，差不多執(zhí)行反動路線嚴重到走資派程度的這些人，都已‘靠邊站’了�，F(xiàn)在42個單位，部長級干部站出來工作的只有90人，占總數(shù)280人中的32％。其中第一把手（部長、主任）只有3人，其他統(tǒng)統(tǒng)‘靠邊站’了。”
1967年1月22日，由于江青、戚本禹的蓄意誣陷和煽惑，煤炭工業(yè)部部長張霖之在被造反派非法拘留、審訊長達40多天后，重傷致死。這一用血寫的事實，給周恩來以極大警醒和震撼，他異常激動地質問造反派：“這么一位出生入死的老同志，就這么不明不白地死了，我怎么交代��！如果連一個部長的生命安全都沒有保障，國家還有什么希望？那不真是無法無天了？”在場的谷牧等人清楚地看到：周總理是“眼含淚水，手持張霖之遍體傷痕的照片”講這番話的；“看著他那悲戚的面容，聽著他那激憤的聲音，我們無不為之動容”。
年近七旬且每日都在苦撐危局的周恩來，十分清楚自己的責任。在勉力維持經濟運轉的同時，他必須利用自己有限的權力，全力保護作為黨和國家的寶貴財富的廣大老干部。他相信，只要自己在位一天，這些被打倒或“靠邊站”的老同志的安全保障就多一天。
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